北海道のエゾシカ新ゲノム配列が生態研究に貢献

北海道の野生エゾシカのゲノムが解読されました

このたび、国立研究開発法人森林総合研究所とアニコム先進医療研究所、麻布大学の共同研究グループによる新たな発表があり、北海道に生息するニホンジカの亜種エゾシカ（Cervus nippon yesoensis）のゲノム情報が世界規模で整備されました。これは、長鎖リード技術を駆使して従来のゲノム配列を刷新し、新規の国際基準ゲノム配列「CerNipYes1.0」として公開されることとなりました。

既存データとの違い

以前に報告されていたニホンジカのゲノムは、起源や亜種が不明な飼育個体に由来しており、日本国内の野生ニホンジカの全ゲノム参照配列は整備されていませんでした。これに対し、今回の研究では、確実に由来が判明している北海道産の野生エゾシカに着目し、新しいゲノムの構築を行ったのです。

ゲノム解析の成果

研究チームが得たデータによると、新たに構築されたゲノム配列の総塩基数は約588億bp、平均リード長は約14.9kb、推定カバレッジは約18.7倍に達しています。また、構築されたゲノム「CerNipYes1.0」は推定サイズ3.1Gb、スキャフォールド数は1,810、N50は77Mbという素晴らしい指標を示しています。これは、ゲノムのつながりの良さを表す重要なデータです。

この研究により、12,562遺伝子が99.75%の完全性を持つとして再構成に成功し、反復配列は約21.6%という推定値が得られました。他の既存データに比べても高品質であることが明らかとなりました。

今後の研究への期待

本発表により、北海道に生息するエゾシカのゲノム情報は、進化や生態研究の基盤データとして大きな役割を果たすことが期待されます。この分野の研究者は、エゾシカの移動ルートや個体群の関係性に関わる情報をもとに、より詳細な生態や管理への指標となるデータを収集することが可能となるでしょう。

研究の背景

シカ科（Cervidae）は、陸上偶蹄類の中でも最大規模の分類群であり、ニホンジカ（Cervus nippon）には14種類の亜種が存在しています。その中でも、北海道に生息するエゾシカは、過去に深刻なボトルネックを経て、現在の分布に至っているとされています。全ゲノム解析は、これらの動物の個体群動態や形質の分子基盤を解明するために非常に重要です。

今回は、長鎖リード技術を使用することで、より正確な遺伝情報を解析することに成功しました。この情報は、進化研究や生態の理解を深めるための重要な資源となります。

公開場所

得られたデータは、日本の国際DNAデータバンクであるDDBJと、アメリカのNCBIで公開されるため、研究者や他の関心を持つ方々がアクセスし、利用できる状況が整いました。データのオンライン公開は、2025年12月27日となる予定です。

今回の研究は、文部科学省科学研究費補助金にも支援され、多くの研究機関と共同で行われました。この成果が、エゾシカを含めた他の種におけるゲノム研究に明るい展望をもたらすことを期待しています。